시설 재배지의 가장 큰 문제점은 토양의 염류 집적과 병충해에 의한 수확 손실일 것이다.  일반적으로 토양 염류 집적은 토양을 중성화시켜 기본적으로 호기성 산성계 미생물이 살 수 없고, 혐기성 또는 통성혐기성인 병원성 미생물이 살기에 적합한 고온 다습한 환경이 가장 큰 원인으로 볼 수 있다. 하지만 시설 재배지는 우리가 환경을 조절할 수 있다는 장점을 가지고 있으므로 원칙만 제대로 지키면 오히려 병충해 발생을 줄이면서 더 큰 수확을 가져올 수 있다는 장점을 지니고 있어 시설 재배지 관리에 대해 2편으로 게제한다.

1. 토양 관리
1) 토양 유기물
병해 대 발생이 거의 없는 깊은 숲속과 같은 건강한 생태계의 흙을 밟으면 푹신한 느낌이 든다. 이것은 끊임없이 토양 속으로 식물의 잎과 같은 유기물이 공급되어 pH 6 이하의 부식화된 유기물인 부엽토가 형성되어 휴믹산이 토양으로 공급되어 입단화가 이루어져 토양 공극이 많아지기 때문이다.
토양 공학에서 가장 건강한 토양은 유기탄소 화합물인 유기물 함량이 최소 5%를 유지될 때이다.
농업 토양은 숲속 토양과 달리 유박, 퇴비 등 신선한 유기물만 사용하기 때문이다.
기본적으로 신선한 유기물에 포함된 탄수화물이나 녹말 같은 당 화합물과 질소를 가진 단백질(아미노산 복합체)은 아무리 많이 공급해도 미생물이 최대 2개월 안에 분해 해버리고 토양 구조에는 전혀 도움을 주지 못하지만, 섬유질, 오일, 왁스, 레진 등 중간 정도 속도로 분해가 되는 성분과 섬유질을 접착하는 리그닌 성분은 미생물이 금방 분해하지 못하므로 토양 속에서 미생물이 분비하는 효소와 같은 생리 대사 물질과 함께 산화, 중합 또는 축합 반응으로 킬에이트제인 휴믹산과 풀빅산과 같은 부식화된 유기물이 형성된다.
자연계에서 토립자를 입단화 시켜 물빠짐, 통기성, 미생물 주거지 역할을 하는 공극 형성에는 단립된 토립자를 뭉치는 접착제 역할을 하는 물질은 부식화된 유기물인 휴믹산과 미생물이 분비하는 효소뿐이다.
또한 휴믹산은 주변의 불용성 영양분을 킬레이트시켜 흡수 가능한 가용성으로 변환시켜주면서 동시에 토양 미생물의 에너지원인 흡수 가능한 유기탄소원이 되므로 미생물 생육이 현저하게 촉진이 된다.  따라서 유기물은 토양 미생물의 에너지원인 휴믹산과 미생물 세포질 형성에 요한 영양원인 질소원(아미노산, 당밀) 등이 풍부해야만 생육이 극대화 되므로 탄질비를 계산해 공급하는 노력이 필요하다. 

2. 토양 미생물
우리가 태어나기 전부터 지구의 생태계를 구성하는 모든 생명체들은 조화롭게 먹이 사슬에 의한 충분한 양의 먹이가 골고루 공급되는 자연계의 선순환이 유지되어 왔다. 
특히, 깊은 숲속처럼 휴믹산이 풍부한 토양의 pH가 6.5이하의 산성 조건이 되면 유해 병원균을 사멸하는 천연 항생제인 산성계 곰팡이를 비롯한 다양한 미생물 들이 먹이 사슬를 유지해 공생, 경쟁과 천적이라는 자연 법칙에 의해 병충해 대발생이 거의 불가능해진다.
아래 그림에서 보는 바와 같이 농자재는 사람이 공급하지만 발근을 촉진하고 작물을 키우는 것은 토양 내부 근권 박테리아와 곰팡이의 몫인 것을 감안할 때 토양 관리에서 모든 시비는 작물 중심이 아닌 미생물 중심으로 전환할 때 더 큰 수확을 기대할 수 있게 된다.
따라서 토양 개량을 위해서는 토양 곰팡이 생육을 촉진하는 신선한 질소원으로 아미노산이 많은 유기물인 유박, 퇴비 등을 토양 박테리아 생육을 촉진하는 탄소원으로 휴믹산을 동시에 투입해야만 가장 이상적인 종 다양성을 기대할 수 있다.
토양 생물은 거의 단세포 생명체로 합성 비료의 사용으로 토양 속 물의 전기전도도가 상승해 세포 내부 세포질 영양액 보다 높아지면 식물 뿌리와 동일하게 영양과 물을 제대로 흡수할 수 없어 제대로 생육할 수 없게 된다.
또한 미국 농무성의 연구 자금으로 러트거 대학과 캘리포니아 대학에소 연구한 조사 결과에 따르면, 심각한 수확량 손실을 초래하는 기생 선충은 토양 염류 장애로 토양 산소량 1% 미만, pH가 6.6 이상이 되면 기생 선충은 급격하게 개체수가 증가하고 이들을 먹고 사는 유익한 육식의 자유 선충은 생존이 어려워 피해가 심각해 지만, 공극이 풍부해 산소량이 20%, pH 6.5 이하에서는 기생 선충은 급격하게 개체수가 줄어들고 육식 선충은 개체수가 증가한다고 발표한 바 있다.  
염류 장애가 발생한 토양은 토립자가 강하게 결합하면서 공극이 줄어들어 자연스럽게 산소량이 부족해지면서 기생 선충과 같은 토양 내부 우점종 미생물이 혐기성/통성혐기성 병원성 미생물로 변하는 종 다양성 교란이 일어나므로 시설 재배지에서는 배양 시 산소를 공급하지 않아 혐기성/통성혐기성 균이 대부분인 EM과 같은 유용 미생물 보다는 퇴비, 부엽토, 지렁이 분변토 등을 종균으로 배양 시 대량의 산소를 48시간 이상 공급하면서 배양한 호기성 미생물 액비(퇴비차, 청초액비, 생선 아미노산 등)를 사용해 부족한 호기성균을 공급할 때 큰 효과를 가져 올 수 있다.
   
3. 토양 공극 관리
다수확을 위한 토양은 기본적으로 공극이 50% 이상이어야 한다. 토양 공극은 산소와 물로 이루어져 있으며 미생물 주거지, 영양 창고 그리고 토양 속 물 길이 되므로 투수성을 결정한다.
토양의 공극은 입단화가 가장 중요한 요소이며 이를 위해서는 전술한 바와 같이 토양 내부의 입단화 유도 물질인 휴믹산이 많아야 하고 동시에 토양 미생물 개체 수가 많아야만 한다.
일부 농지에서는 토양 투수성을 확보하기 위해 사용하는 모래는 양이 적을 경우 마치 콘크리트에 모래를 사용하는 것처럼 토양을 더욱 단단하게 만들 수 있으므로 투입량이 최소 50% 이상일 때만 개량효과가 나타난다.   
또한 토양 공극 확보를 위해 투입하는 숯, 활성탄 또는 연탄재는 pH가 10 이상의 강알칼리성 물질이므로 토양 투입 전 일차로 미생물 영양원인 당밀, 아미노산, 휴믹산 그리고 해조 추출물 등으로 적신 다음, 호기성 미생물 종다양성이 우수한 지렁이 분변토, 퇴비, 부엽토를 종균제로 제조한 액비 또는 청초 액비 등으로 만든 산성의 액비를 뿌려 미생물을 착상하며 식생층 토양 전체 중량 대비 5% 이내로 투입하면 전체적으로 수확량이 현저하게 증대한다.