농업용 면세유류 공급제도는 유류에 부과되는 목적세(교통에너지 환경세, 주행세, 교육세, 개별소비세) 및 부가가치세를 전액 감면하여 농업인에게 공급하는 제도로서 1986년도부터 시행, 8차례 연장하여 2015년까지 한시적으로 실시하고 있다.
관련규정으로는 조세특례법 제106조의2항에 면세유 공급기한, 대상자, 신고의무, 구입카드, 관리기관을 명시하고, 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용에 대하여는 특례규정(대통령령)에 근거를 두고 있다.
면세유류 공급대상자(농림특례규정)란 작물재배업, 축산업 및 농산물 건조장업에 종사하는 자로서 농업기계보유현황과 영농사실을 면세유류관리기관에 신고하고 면세유류 관리카드를 발급받은 농업인 개인, 영농조합법인 또는 영농회사법인, 조합 또는 조합공동사업법인과 중앙회로 하고 있으며, 면세유류 관리기관은 농업협동조합법에 따른 조합이고, 개인은 2011년7월1일부터 농업 경영체 에 등록된 자(농산물 건조장업 에 종사하는 자는 제외) 로 한정하고 있다. 농업용 면세유가 2003년까지는 농업인에게 유류구입권을 발급하였으나 유류 과다사용 및 부정사용이 빈발하여 2004년도에는 농가별 배정양식으로 전환하였으며, 2007년도에는 등록된 농기계를 매 2년마다 재신고 받아 일제정비 하였고, 2008년도에는 면세유 판매업소지정제 및 관할구역에서만 구매 가능하도록 하였으며, 2010년도에는 신규난방기에 시간계측기 부착 의무화 및 농업경영체에 등록한 농업인으로 규정하였으며, 2012년도에는 화물차량(1톤미만)등 기종확대에 따른 면세유 공급 방안을 마련하였다.
관련법령에 따르면 면세유를 부정유통 하다가 단속될 경우 농업인은 감면세액의 40% 가산세추징과 2년간 면세유 공급을 중단하고, 농협은 감면세액의 20~40%가산세를 추징하며, 판매업자는 감면세액의 40%가산세추징 및 향후 3년간 면세유 공급을 중단함과 동시에 조세범 처벌법에 따라 3년 이하의 징역 등을 처하도록 하고 있다.
앞으로 유류를 많이 사용하는 중고난방기, 곡물건조기, 버섯재배소독기에는 2011년7월부터 계측기 부착을 의무화 하였고, 면세유 공급기준을 개선하여 농가별 농기계규격이외에 영농규모를 반영하여 차등배정토록하고, 시설원예도 작물별 가온기준을 현실화 하는데 중점을 둔다고 한다.
농산물품질관리원에서는 면세유의 투명한 공급을 위한 사후관리업무를 수행하고 있으며, 면세유를 사용하는 농업인은 농기계의 변동사항(신규구입, 폐기, 임대, 매매, 고장 등)이 발생할 경우에는 30일 이내에 지역 농협에 신고하여 과징금부과 및 면세유 회수 등 불이익을 받는 일이 없도록 해 주시고 또한 면세유의 올바른 사용으로 농업의 경쟁력을 향상시키면서 부정유통 방지에 앞장서줄 것을 당부한다.